Als stripauteur debuteerde hij op zestienjarige leeftijd in het tijdschrift De Balloen, daarna volgde een aantal losse gags in stripmaandblad Wordt Vervolgd.
In 1990 verscheen bij uitgeverij Casterman de striproman Muizentheater en in 1998 en 2004 bij Oog & Blik/De Harmonie respectievelijk Rampokan: Java en Rampokan: Celebes; een tweeluik dat zich afspeelt aan de vooravond van de Politionele Acties in Indonesië. Het eerste deel werd voorgepubliceerd in Het Parool.
Inmiddels is er een Franse, Duitse, Indonesische, Engelse en Spaanse vertaling van Rampokan verschenen. En in 2018 publiceerde uitgeverij Dupuis in de reeks Vrije Vlucht de integrale editie - voor het eerst in kleur (Marloes Dekkers). Naast interesse vanuit het buitenland is het boek zeker niet onopgemerkt gebleken bij de makers van de Nederlandse speelfilm De Oost, waarin deze koloniale oorlog eveneens wordt belicht. Bekijk hier hun website De Wereld van De Oost.
Ook schrijver Adriaan van Dis, hier bij het tv programma Buitenhof, was het boek al vroeg opgevallen.
Over schrijvers gesproken: speciaal voor de bijlage Boeken van NRC Handelsblad maakte Van Dongen van september 2007 tot juni 2009 drie keer per maand schrijversportretten.
In opdracht van kledingmerk GANT International maakte hij Drie Dagen in Rio (2013), een verhaal dat losjes is gebaseerd op een gebeurtenis uit de jeugd van hun terugtredend directeur Lennart Björk. Verscheen ook in het Engels en Zweeds voor hun winkels wereldwijd.
Voor Familieziek (2017) bewerkte Peter van Dongen de gelijknamige roman van Adriaan van Dis tot een beeldroman. Een verhaal in taferelen over een Indisch gezin, getekend door de oorlog, dat probeert te aarden in het Holland van de jaren vijftig van de vorige eeuw (inkleuring Marloes Dekkers). Bekijk hier een fragment van een bezoek van de schrijver en stripmaker aan het tv programma De Wereld Draait Door op 24 november 2017. De Franse vertaling verscheen in 2020 bij Uitgeverij Dupuis in de reeks Vrije Vlucht met als titel Fichue Famille.
Voor de iconische serie Blake en Mortimer van Edgar P. Jacobs maakte Van Dongen samen met Teun Berserik (als eerste Nederlanders) het tweeluik De Vallei der Onsterfelijken deel 1 & 2, op scenario van Yves Sente, dat verscheen in 2018 en 2019 bij uitgeverij Dargaud-Lombard. In November 2021 werd hun derde Blake en Mortimer album De Laatste Zwaardvis gepubliceerd, geschreven door Jean Van Hamme. Naast de tekeningen, eerlijk verdeeld tussen Teun Berserik en hemzelf, verzorgde hij voor alle drie de albums ook de volledige inkleuring. Behalve in het Nederlands wordt de reeks ook gepubliceerd in het Frans, Deens, Engels, Portugees, Italiaans, Spaans en Duits.
Verder levert Van Dongen al jaren geregeld illustratiewerk aan uiteenlopende opdrachtgevers zoals CPNB (Kinderboekenweekgeschenk 2005), Vrij Nederland, VPRO Gids, musea zoals Kunstmuseum Den Haag, Scheepvaartmuseum Amsterdam en Centraalmuseum Utrecht, en commerciële bedrijven zoals Capgemini, GVB, Martinair en Zorgverzekeraar DSW.
Voordat hij als striptekenaar/illustrator professioneel werkzaam was, drumde Van Dongen gedurende zijn tienerjaren in het Amsterdamse bandje The Original Talkatives.
Onder andere het behalen van de finale van de Grote Prijs van Nederland in 1984 en enkele noteringen in de Tipparade behoren tot de bescheiden wapenfeiten. In 2013 verscheen na bijna 30 jaar in eigen beheer de ooit 'beoogde' single Squeeze Louise op vinyl. Kijk en luister hier naar het nummer op een reünieconcert in 2015, waarvan het intro tijdens de oorspronkelijk ruwe eindmix onfortuinlijk gewist was. De single is niet in de handel verkrijgbaar, maar via het bestelformulier te koop à € 10,-. (incl. verzendkosten).